Perioodil 2007–2013 antakse struktuuritoetust kolmest fondist:

• Euroopa Regionaalarengu Fond;
• Euroopa Sotsiaalfond;
• Ühtekuuluvusfond.

Aastateks 2007–2013 on ette valmistatud riiklik struktuurivahendite kasutamise strateegia, mis on struktuuritoetuste rakendamise aluseks olev strateegiline raamdokument. Strateegia elluviimiseks koostati sotsiaalmajanduslike partnerite ning Euroopa Komisjoniga koostöös kolm rakenduskava, milleks on Inimressursi arendamise rakenduskava, Elukeskkonna arendamise rakenduskava ja Majanduskeskkonna arendamise rakenduskava.

Struktuurifondide rakendamine ja koordineerimine on jaotatud rakendusasutuste ning rakendusüksuste vahel. Erinevate teemavaldkondade eest vastutavad ministeeriumid viivad sel perioodil tegevusi ellu nii riiklike programmide kaudu kui ka avatud taotlusvoorudena. Riiklik programm on sihtsuunitlusega ning vajalik suurte valdkondlike muutuste tegemiseks.