Perioodi 2004–2006 anti Eestis struktuuritoetust neljast fondist:

• Euroopa Regionaalarengu Fond;
• Euroopa Sotsiaalfond;
• Euroopa Põllumajanduse Arendus- ja Tagatisfond;
• Kalanduse Arendusrahastu.

Euroopa Liidu struktuurifondide toetuste planeerimiseks töötati Eestis perioodil 2004–2006 välja eraldi dokument "Eesti Riiklik Arengukava Euroopa Liidu Struktuurifondide kasutuselevõtuks" Ühtne Programmdokument 2004–2006 (RAK). RAK sisaldab nelja prioriteetset struktuurifondide toel arendatavat valdkonda (4 prioriteeti + tehniline abi), mida viiakse ellu läbi meetmete.

Struktuurifondide rakendamine ja koordineerimine on jaotatud rakendusasutuste ning rakendusüksuste vahel.